Neun aktuelle Bayernligisten und die drei bayerischen Drittligisten haben ihre Bewerbungsunterlagen zur Teilnahme an der Saison 2025/26 in der Regionalliga Bayern beim Bayerischen Fußball-Verband (BFV) fristgerecht eingereicht. Aus der Bayernliga Süd sind dies laut BFV der FC Memmingen, der FC Pipinsried, der SV Erlbach, der SV Schalding-Heining sowie die Zweitvertretung des TSV 1860 München. Der FC Deisenhofen verzichtet demnach auf einen sportlich noch möglichen Aufstieg.
Mit dem VfB Eichstätt, dem SC Eltersdorf, der Zweitvertretung des FC Ingolstadt 04 sowie dem ATSV Erlangen haben zudem vier Bayernliga-Klubs aus der Nordstaffel ihre Zulassungsunterlagen eingereicht. Aus der 3. Liga nehmen der FC Ingolstadt 04, die stark abstiegsbedrohte SpVgg Unterhaching sowie der TSV 1860 München am Bewerbungsverfahren teil. Der TSV 1860 und Ingolstadt dürften nur mit ihren Zweitvertretungen in die Regionalliga Bayern hochrücken, wenn ihre Profimannschaften in die 2. Bundesliga aufsteigen - was in beiden Fällen zumindest rechnerisch noch möglich ist.
Insgesamt hatte der Bayerische Fußball-Verband Ende Januar 2025 das rein digitale Zulassungsportal für 56 Vereine freigeschaltet, um die notwendigen Unterlagen einzureichen. 18 aktuelle Regionalligisten, drei Drittliga-Klubs sowie die insgesamt 35 Bayernligisten hatten Zugriff erhalten. Während für die Dritt- und Bayernligisten das Fristende nun am 14. April war, wurden den aktuellen Regionalligisten bereits ihre Zulassungsbescheide zugestellt. 13 davon haben noch Auflagen und/oder Bedingungen zu erfüllen.
Grundvoraussetzung für die Teilnahme an der Regionalliga Bayern ist auch in der Spielzeit 2025/26 die sportliche Qualifikation. Darüber hinaus müssen die Vereine im jetzt laufenden Verfahren auch die Voraussetzungen des Bayerischen Fußball-Verbandes erfüllen, um zugelassen zu werden. Dabei sind insbesondere infrastrukturelle, medientechnische und organisatorische sowie personelle Kriterien zu erfüllen. Eine aufwändige und insbesondere kostenintensive Wirtschaftlichkeitsprüfung gibt es im Zulassungsverfahren zur Teilnahme an der Regionalliga Bayern bewusst nicht.