Im Freisinger Moos gibt es streng geschützte Wiesenbrüterarten, vor allem den Kiebitz und den Großen Brachvogel, aber auch den Wiesenpieper, Wachtelkönig und die Feldlerche. Sie sind stark vom Aussterben bedroht. Unter anderem für sie wurden die Ausgleichsflächen des Freisinger Moos mit wasserführenden Kanälen und flachen Tümpeln angelegt, wo die Vögel brüten können. Doch viele Wiesenbrüter meiden das Gebiet, weil in den angrenzenden Bäumen häufig Greifvögel sitzen, diese bedeuten eine enorme Gefahr für die flugunfähigen Jungvögel. Um diese Gefahr zu mindern wurden jetzt 17 große und gesunde Bäume, Birken und Eichen, gefällt.
Das Freisinger Moos ist eines der größten noch erhalten gebliebenen Niedermoorgebiete in Bayern. Das etwa 3000 Hektar große Gebiet liegt im Naturraum Münchener Ebene südwestlich von Freising, zwischen Massenhausen, Vötting und Pulling. In der ersten Hälfte des 20 Jahrhunderts wurde die Entwässerung des Moores systematisch betrieben: Die Moosach, das größte Fließgewässer im Freisinger Moos, wurde ab 1914 reguliert und Entwässerungsgräben angelegt. So wurde der Moorwasserspiegel deutlich abgesenkt, wodurch der oberste schätzungsweise halbe bis ganze Meter Torfboden mineralisierte. Die durch kleinflächige Torfstiche, Streuwiesen sowie ein enges Nebeneinander verschiedener Feucht- und Nasswiesen geprägte Landschaft bietet einer Vielzahl niedermoortypischer Pflanzen- und Tierarten Lebensraum.
Eine besondere Wertigkeit kommt dem Freisinger Moos als Lebensraum für die in Bayern vom Aussterben bedrohten Wiesenbrütern zu. Das sind Vogelarten, die ihre Nester direkt auf den Boden legen. Solche Arten brauchen offene Landschaften, in denen sie Tiere, die ihre Eier oder Küken fressen könnten, rechtzeitig herannahen sehen.
Der Nachwuchs sucht seine Nahrung am Boden und versteckt sich bei Gefahr im hohen Gras. Störungen durch Menschen auf Pferden sowie Spaziergänger mit freilaufenden Hunden beeinträchtigen den Bruterfolg der selten gewordenen Vögel. Speziell der Wachtelkönig ist in Bayern stark gefährdet. Er kommt im Gebiet Freising in sehr niederschlagsreichen Jahren in größeren Zahlen vor. Der Kiebitz und der Große Brachvogel gehören zu den am stärksten bedrohten Wiesenbrütern Europas. Ihre Bestände sind seit den 1970er‑Jahren in Deutschland um mehr als 90 Prozent eingebrochen, in vielen Regionen stehen sie kurz vor dem Verschwinden.
Eine Maßnahme zum Schutz dieser Wiesenbrüter, neben dem Anlegen von flachen Gräben und Tümpeln, ist die Fällung von potenziellen Raubvogel-Ansitzen. Die betroffenen Bäume, die jetzt gefällt wurden, lagen im Wiesenbrütergebiet sowie im europäischen Vogelschutzgebiet Freisinger Moos. Die Entfernung der angrenzenden Bäume verbessert daher den Lebensraum der Wiesenbrüter deutlich. Um den Fortpflanzungserfolg der seltenen Arten nachhaltig zu steigern, wurden 17 Bäume im Bereich der Brutfläche entfernt. Die Fällung erfolgte außerhalb der Vogelbrutzeit.